Специалисты Петербургского онкоцентра прошли стажировку в Чехии
В январе этого года биолог ПАО Петербургского онкоцентра, канд.биол.наук Рысев Н.А. прошел стажировочное обучение на базе ведущей лаборатории клеточной, тканевой и молекулярно-генетической диагностики "Биоптика лаборатор", расположенной в городе Пльзене, Чехия.
"Биоптика лаборатор" является крупнейшей лабораторией страны, ведущей свою деятельность в области цитологической, гистологической диагностики и молекулярно-генетических исследований. В 2019 году в лаборатории было выполнено около 200000 биопсий и проведено около 1 250 000 цитологических исследований. Лаборатория также выполняет большой объём иммуногистохимических исследований (ИГХ).
Молекулярно-генетическая лаборатория использует ряд современных методов исследования, такие как: флуоресцентная гибридизация in situ (FISH), полимеразная цепная реакция (ПЦР) и секвенирование, включая секвенирование по Сенгеру и секвенирование нового поколения (NGS).
Флуоресцентная гибридизация in situ (FISH) – это цитогенетический метод, который применяют для определения положения специфической последовательности ДНК. В данном методе используют ДНК-зонды (ДНК-пробы), которые связываются с комплементарными мишенями в образце. В состав ДНК-зондов входят нуклеозиды, меченные флюорофорами. Связавшийся с мишенью ДНК-зонд можно наблюдать при помощи флуоресцентного микроскопа. FISH сочетает в себе преимущества классических цитологических, цитогенетических и новейших молекулярных методов и может проводиться на тканевых и клеточных препаратах. Данный метод позволяет оценить генетический статус отдельной клетки и выявить, к примеру, несколько этиопатогенетически значимых аномальных клеток среди тысяч других с нормальным генотипом.
Метод ПЦР основан на многократном избирательном копировании определённого участка ДНК при помощи ферментов в искусственных условиях. При этом происходит копирование только того участка, который удовлетворяет заданным условиям, и только в том случае, если он присутствует в исследуемом образце. Таким образом данный метод позволяет выявлять мутации, транслокации, изменение экспрессии генов. Сложность в создании тест-систем методом ПЦР заключается в необходимости точной информации о всех интересующих мутациях и партнерских генов для определения транслокаций, которых может насчитываться несколько десятков в каждом гене.
NGS секвенирование – метод, позволяющий определить первичную структуру ДНК или РНК. Недостатком метода является высокая зависимость от качества образца и высокая стоимость такого исследования. Однако это наиболее подходящий метод для обнаружения молекулярных перестроек, таких как наследственные и соматические мутации, транслокации. Данный метод позволяет сразу исследовать широкую панель генов в рамках одного исследования. Несмотря на высокую стоимость, одно такое исследование может обойтись дешевле, чем ряд других исследований различных генов, другими методами, такими как ПЦР, или FISH. Кроме того за последние несколько лет стоимость исследований данным методом значительно снизилась, и эта тенденция продолжается. В последнее время, данный метод стремительно входит в рутинную практику многих современных медицинских учреждений.
Помимо основной деятельности, лаборатория осуществляет подготовку кадров, организовывает семинары и конференции, а также оказывает поддержку в подготовке научных статей и публикаций.